Никаких особенностей при оплате больничного, выданного в связи с коронавирусом, нет.
С 2021 года на всей территории РФ пособие по временной нетрудоспособности работодатель платит только за первые три дня, а остальной период оплачивает ФСС России напрямую сотруднику (п. 1 ч. 2 ст. 3 Федерального закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ, далее – Закон № 255-ФЗ).
Для получения пособия работник должен представить работодателю (ч. 5 ст. 13 Закона № 255-ФЗ):
листок нетрудоспособности, выданный медицинской организацией по форме и в порядке, которые установлены приказом Минздрава России от 01.09.2020 № 925н (в том числе электронный больничный);
справку (справки) о сумме заработка с предыдущего места (мест) работы, службы, иной деятельности. Справка предоставляется по форме, утв. приказом Минтруда России от 30.04.2013 № 182н, если сотрудник работает меньше двух лет.
Обратиться к работодателю за пособием по временной нетрудоспособности сотрудник может в течение 6 месяцев со дня выздоровления (ч. 1 ст. 12 Закона № 255-ФЗ).
Медицинское учреждение, выдавшее больничный, указывает в нем в строке (поле) листка нетрудоспособности "Причина нетрудоспособности" в ячейках (поле) листка нетрудоспособности двухзначный код, характеризующий причину нетрудоспособности (п. 65 Порядка, утв. приказом Минздрава России от 01.09.2020 № 925н).
Для всех видов заболеваний (независимо от диагноза) проставляется код "01".
Все больничные с таким кодом оплачиваются в общем порядке, то есть за первые три дня платит работодатель, остальные дни оплачивает ФСС России сотруднику непосредственно.